Майкопский гарнизонный военный суд является федеральным судом общей юрисдикции и осуществляет судебную власть в Вооруженных силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и федеральных органах исполнительной власти, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба. Военный суд осуществляет правосудие от имени Российской Федерации, рассматривая подсудные ему дела в порядке гражданского, административного, дисциплинарного и уголовного судопроизводства.

Территориальная юрисдикция Майкопского гарнизонного военного суда распространяется на воинские части, учреждения Вооруженных Сил Российской Федерации, другие войска, воинские формирования и органы, дислоцируемые на территории Республики Адыгея (за исключением Тахтамукайского района), городов Армавира и Кропоткина, Апшеронского, Белореченского, Гулькевичского, Кавказского, Курганинского, Лабинского, Мостовского, Новокубанского, Отрадненского, Тбилисского и Успенского районов Краснодарского края.

Вышестоящим судом по отношению к Майкопскому гарнизонному военному суду является Южный окружной военный суд.